Zur Beurteilung der Harnblase und der Harnröhre stehen die starre und die flexible Zystoskopie zur Verfügung. Die Untersuchung wird in der Regel mit lokaler Betäubung durchgeführt. Die Patienten liegen dazu auf dem Rücken, in der sogenannten Steinschnittlage, auf einem Untersuchungsstuhl. Die Beine sind nach außen gespreizt und abgewinkelt. Bei der starren Zystoskopie des Mannes führt der Untersucher das Instrument unter Sicht in die Harnröhre ein bis zur Harnblase. Dann erfolgt ein Wechsel der Optik zur Beurteilung des Blaseninneren. Dabei wird die Harnblase mit sterilem Wasser gefüllt. Bei Frauen erfolgt das Einführen des Instrumentes in der Regel blind. Die Optik wird erst eingesetzt, wenn die Harnblase erreicht ist.
Die flexible Zystoskopie ist eine Untersuchung, die zumeist als angenehmer empfunden wird, da sich das biegsame Instrument besonders gut dem Verlauf der männlichen Harnröhre anpasst und ein Wechsel der Optik nicht erforderlich ist. Die Untersuchung kann auch in Rückenlage durchgeführt werden, was besonders für immobile Patienten in Frage kommt. Der Nachteil der Methode ist, dass die Ausleuchtung der Harnröhre schwächer ist als bei der starren Zystoskopie und die dünneren Arbeitskanäle Eingriffe in der Blase einschränken.